מדוע שמים דגש כה גדול על לימוד גמרא בישיבות, כשמאידך כמעט ולא שמים דגש כלל על לימוד חומש? אם הם טוענים שהם לומדים גמרא במקום חומש כדי להבין את המשמעות ואת ההלכות, אז עדיף שנלמד רק משנה ברורה? א"כ מה הטעם בלימוד גמרא?

הישיבות הקדושות היוו מאז ומעולם בית היוצר של גדולי וחכמי האומה בהנהגתם של אדירי התורה וענקי הרוח, וחזקה עליהם שהם ידעו ויודעים אילו סדרי לימוד דרושים כדי לגדל דורות של תלמידי חכמים ואנשי רוח, והתוצאות מעידות בעד עצמן. ולענין עצמו אין חולק על כך שיש לכל יהודי ובכללם בני ישיבה להקדיש זמן ללימוד חומש וללימוד הלכה למעשה, בענין צורת הלימוד יש סגנונות שונים אולם לכל הדעות עיקר סדרי הלימוד מוקדשים ללימוד התלמוד בבלי שהוא הבסיס ללימוד חכמת התורה, בגלל הטעמים הבאים: א. הגמרא בסנהדרין דף כד. מסבירה שהתלמוד בבלי בלול במקרא במשנה ובתלמוד כך שהלומד תלמוד בבלי עוסק בשלושתן. ב. הלימוד בישיבה נועד להפוך את התלמיד ללמדן שידע ללמוד בכחות עצמו להבין ולהעמיק בכל תחום תורני, ואין כמו לימוד הגמרא ובמיוחד בסדרי נשים ונזיקין שנלמדים בדרך כלל בשנים הראשונות, לאמן את המוח בחשיבה עמוקה וחריפה וליצור למדן אמיתי. ג. מטרת הישיבות היא ליצור גדולי תורה ואחד הכלים החשובים הדרושים לגדלות בתורה הוא היכולת לחלק חילוקים, לדמות מילתא למילתא ולהגדיר הגדרות דקות ומדוייקות, ואת כל הכלים הללו ניתן להשיג רק על ידי העמקה בלימוד הגמרא עם הראשונים וגדולי האחרונים. ד. הגם שתלמידי ישיבה רבים אינם יוצאים גדולי תורה אף על פי כן חשוב מאוד שהם ילמדו בישיבה, כדי לרכוש ידע בסיסי בדרכי הלימוד שיעזור להם ללמוד ולהבין היטב את ההלכות המעשיות, ובנוסף לימוד גמרא מסייע לכל תלמיד לספוג את רוח התורה ולרכוש כלים כדי להיות אנשי תורה בעלי מדות טובות המשתלבים בעולם המעשה וקובעים עיתים לתורה. חשוב לציין שלאחר תקופה של לימוד גמרא בעיון ובבקיאות מגיעים רבים מהלומדים לדרגה הגבוהה יותר של לימוד שהיא "אסוקי שמעתתא אליבא דהלכתא" דהיינו לימוד הסוגיא עד מסקנותיה עם דברי הפוסקים להלכה למעשה.